日本管区は宣教・司牧、出版、教育、福祉の四つの分野で活動しています。

【宣教・司牧】
小教区としては亀有教会（東京教区）、赤羽教会（東京教区）、瀬戸教会（名古屋教区）、春日井教会（名古屋教区）、 仁川教会（大阪教区）、由布教会（大分教区）、湯江教会（長崎教区）、東長崎教会（長崎教区）、本河内教会（長崎教区）、 古田町教会（鹿児島教区）、大笠利教会（鹿児島教区）、西仲勝教会（鹿児島教区）、古仁屋教会（鹿児島教区）があります。この他、那覇教区に4人の会員を派遣しています。

なお、「在世フランシスコ会」を通して師父聖フランシスコの精神による宣教・司牧を、 「聖母の騎士信心会」を通して聖母マリアへの信心の促進による信徒の教化につとめています。

【諸宗教対話】
諸宗教対話の活動の一環として、熊本県玉名郡菊水町にある「東西宗教交流センター」の 「真命山 諸宗教対話・霊性交流センター」の共同体において、1人の会員が仏教者との対話および交流の活動に参加しています。

【国外宣教】
ブラジルに二人、ザンビアに一人、宣教師を派遣しています。
イタリアのアッシジでは、一人の会員が、巡礼者への奉仕を行っています。

【出版】
出版活動としては、長崎に聖母の騎士社があり、 主に月刊誌「聖母の騎士」と文庫本を出し、文書による宣教・司牧に従事しています。

【教育】
教育の分野では、次のような教育施設があります。

・聖母の騎士学園（聖母の騎士幼稚園、東長崎聖母の騎士幼稚園、高等学校：長崎市）
・仁川学院（マリアの園幼稚園、小学校、中学校、高等学校：兵庫県西宮市）
・小長井聖母の騎士学園（小学校、中学校：長崎市小長井町）
・聖フランシスコ幼稚園（東京都足立区）
・聖母の騎士幼稚園（東京都北区）
・まりあ幼稚園（東京都東村山市）
・マリア幼稚園（愛知県瀬戸市）
・春日マリア幼稚園（愛知県春日井市）

【福祉】
福祉施設としては、次の二つの施設があります。

・養護施設・聖母の騎士園（長崎県小長井町）
・養護老人ホーム・聖フランシスコ園（長崎県高来町）

【管区本部】
日本管区本部は東京にあり、住所は次のとおりです。

〒177-0051 東京都練馬区関町北4-12-10
コンベンツアル聖フランシスコ修道会
Tel.:03-3929-4103;Fax.:03-3929-4954